[ad_1]

تصویر

تصویر: برای بیش از یک دهه ، دانشمندان اپی ژنتیک از روش قدرتمندی به نام ChIP-seq برای ترسیم تغییرات در پروتئین ها و سایر عوامل تنظیم کننده حیاتی در ژنوم استفاده کرده اند. در حالی که تراشه های … Vista بیشتر

اعتبار: با مجوز از موسسه ون اندل

GRAND RAPIDS ، میش. (20 نوامبر 2020) – برای بیش از یک دهه ، دانشمندان اپی ژنتیک از روش قدرتمندی به نام ChIP-seq برای ترسیم تغییرات در پروتئین ها و سایر عوامل تنظیم کننده مهم در ژنوم استفاده کرده اند. در حالی که ChIP-seq اطلاعات ارزشمندی در مورد مبانی بهداشت و بیماری ارائه می دهد ، اما با یک چالش ناامیدکننده روبرو است: نتایج آن اغلب به جای کمی ، کیفی دیده می شود ، و این تفسیر را دشوار می کند.

اما به نظر می رسد که طبق گزارشی که اخیراً به عنوان گزینه ویرایشگر انتخاب شده و روی جلد مجله شیمی بیولوژیک.

دکتر برد دیکسون ، دانشمند م Instituteسسه ون آندل و یکی از نویسندگان این تحقیق ، گفت: “ChIP-seq ستون فقرات تحقیقات اپی ژنتیکی است. یافته های ما این باور را به چالش می کشد که برای تعیین مقدار آن به مراحل دیگری نیاز است.” “رویکرد جدید ما راهی برای کمی کردن نتایج ارائه می دهد ، بنابراین Chip-seq را دقیق تر می کند در حالی که پروتکل های استاندارد را دست نخورده باقی می گذارد.”

تلاش های قبلی برای تعیین کمیت نتایج ChIP-seq منجر به افزودن مراحل اضافی به پروتکل شده است ، از جمله استفاده از spike-ins ، که افزودنیهایی هستند که برای عادی سازی نتایج ChIP-seq و تشخیص تغییرات هیستون طراحی شده اند. در غیر این صورت می توان آنها را پنهان کرد. این مراحل اضافی ضمن افزودن متغیرهایی که می توانند با قابلیت تکرار تداخل داشته باشند ، پیچیدگی آزمایش ها را افزایش می دهند. نکته مهم ، این مطالعه همچنین یک مشکل حساسیت در عادی شدن پرش را که قبلاً در مورد آن بحث نشده بود ، شناسایی کرد.

با استفاده از یک مدل فیزیکی قابل پیش بینی ، دیکسون و همکارانش رویکرد جدیدی به نام روش افزایش سن برای تعیین توالی کمی ChIP یا siQ-ChIP ایجاد کردند. این به محققان اجازه می دهد تا از پروتکل استاندارد ChIP-seq پیروی کنند ، و نیازی به گنجاندن آنها نیست ، و همچنین مجموعه ای از اندازه گیری های معمول را که باید برای همه آزمایشات ChIP-seq گزارش شود ، برای اطمینان از تکرارپذیری و همچنین کمی سازی ، بیان می کند.

با استفاده از واکنش اتصال در مرحله رسوب گذاری ایمنی ، siQ-ChIP مقیاس فیزیکی برای تعیین توالی نتایج را تعیین می کند ، که امکان مقایسه بین آزمایش ها را فراهم می کند. مقیاس کمی بر اساس ایزوترم اتصال محصولات رسوب گذاری ایمنی است.

###

نویسندگان این مقاله عبارتند از: Rochelle L. Tiedemann، Ph.D.، Alison A. Chomiak، Ph.D.، Robert M. Vaughan، and Scott B. Rothbart، Ph.D.، از موسسه Van Andel. و دکتر اوان ام. کرنت از دانشکده پزشکی دانشگاه ایندیانا. هسته اصلی و محاسبات با کارایی بالا ون آندل نیز از این کار پشتیبانی می کند.

تحقیقات گزارش شده در این نشریه توسط موسسه ون اندل پشتیبانی می شود. انستیتوی ملی علوم پزشکی عمومی 35 R35GM124736 (روتبارت) ؛ انستیتوی ملی سرطان انستیتوهای ملی بهداشت F32CA225043 № (Chomiak) و No. F99CA245821 (Von) ؛ و بنیاد تحقیقات انجمن سرطان آمریکا در میشیگان با یک جایزه PF-16-245-01-DMC (تیدمن). مطالب تنها به عهده نویسندگان است و لزوماً نمایانگر دیدگاه های رسمی سازمان های ارائه دهنده نیست.

برای موسسه ون آندل

موسسه وان آندل (VAI) متعهد به بهبود سلامت و زندگی نسل های فعلی و آینده از طریق تحقیقات پزشکی و پزشکی پیشرفته و ارائه آموزش های نوآورانه است. VAI در سال 1996 توسط خانواده ون آندل در گرند رپیدز ، میشیگان تاسیس شد ، اکنون میزبان بیش از 400 دانشمند ، هیئت علمی و کارکنان پشتیبانی است که با تعداد فزاینده ای از کارکنان ملی و بین المللی برای ترویج اکتشافات کار می کنند. محققان این موسسه در حال بررسی ریشه های سرطان ، بیماری پارکینسون و سایر بیماری ها هستند و یافته های آنها را به استراتژی های پیشگویی برای پیشگیری و درمان تبدیل می کنند. دانشکده ما رویکردهای مبتنی بر تحقیق در زمینه یادگیری K-12 را برای کمک به دانش آموزان و معلمان برای آماده سازی نسل بعدی برای حل مسئله توسعه می دهد ، در حالی که دانشگاه ما یک مدرک دکتری دقیق و پرتحرک را ارائه می دهد. برنامه در زیست شناسی سلولی و مولکولی. در vai.org بیشتر بیاموزید.

سلب مسئولیت: AAAS و EurekAlert! هیچ مسئولیتی در قبال صحت گزارشهای خبری منتشر شده در EurekAlert ندارند! از طریق موسسات کمک کننده یا استفاده از هرگونه اطلاعات از طریق سیستم EurekAlert.

[ad_2]

منبع: kolah-news.ir

ایندکسر