[ad_1]

تصویر

تصویر: مدل های مقیاس اتمی توسط دانشمندان دانشگاه رایس ، بر اساس مدل هایی که برای پیش بینی چین خوردگی پروتئین استفاده می شود ، ارتباطی قوی بین محل های اتصال مختل شده با مختصات دارو و ویژگی دارو را نشان می دهد. قیف ، … نمایی بیشتر

اعتبار: تصویرگری توسط دانشگاه مینگچن شن / رایس

هاستون – (23 نوامبر 2020) – دانستن دقیق محل تجزیه پروتئین ها می تواند کمک زیادی به تولید داروهای بهتر کند.

این نتیجه یک مطالعه جدید توسط دانشمندان دانشگاه رایس است که بدنبال مکانیزمی است که بخشهای اصلی مولکولهای زیستی را تثبیت یا بی ثبات کند.

مدل های اتمی توسط پیتر وولینز ، نظریه پرداز برنج ، نویسنده اصلی و فارغ التحصیل مینگچن شن ، و همکاران آنها در مرکز فیزیک نظری بیولوژیک نشان می دهد که نه تنها برخی توالی ناامید کننده خاص در پروتئین ها وجود دارد که برای عملکرد آنها لازم است ، بلکه می توان آنها را نیز یافت. سرنخ هایی برای دستیابی به ویژگی بهتر دارو ارائه می دهد.

وولینس گفت ، این دانش همچنین می تواند به طراحی داروهایی با عوارض جانبی کمتری کمک کند.

نظرسنجی دسترسی آزاد تیم در ارتباطات طبیعت.

مقیاس اتمی به جای بسیاری از فعل و انفعالات موجود در پروتئین ها که چین خوردگی آنها را هدایت می کند ، فعل و انفعالات موجود در مکان های اتصال احتمالی را مدل می کند. مدل های با وضوح خوب امکان گنجاندن فاکتورهای مشترک مانند لیگاندهای فعال شیمیایی ، از جمله مولکول های دارویی را فراهم می کند. محققان می گویند که این توانایی ایده جدیدی از چرایی جذب لیگاند ها توسط پروتئین های خاص و نه توسط دیگران فراهم می کند.

ولینز گفت: “لیگاندهای غیرطبیعی که به آنها دارو نیز می گویند ، به بهترین وجه با آن جیب پروتئین ناامید کننده که به محض اتصال دارو از هم پاشیده می شود ، پیوند می خورد.” داشتن روشی برای یافتن و سپس یادگیری جزئیات این سایتهای ناامیدکننده ، به شرکتهای دارویی کمک می کند تا بسیاری از آزمونها و خطاها را از بین ببرند.

وولینس گفت: “روش استاندارد برای تولید داروها آزمایش 10،000 محل اتصال پروتئین برای یافتن مکان های مناسب است.” “ما می گوییم که گرفتن نمونه از همه سایت های الزام آور الزامی نیست ، بلکه تعداد کافی معقول برای درک آماری از آنچه می تواند در یک محیط محلی کار کند ، است.

وی گفت: “این تفاوت بین شرکت در نظرسنجی و انتخابات واقعی است.” “نظرسنجی ارزان تر است ، اما شما هنوز هم باید موارد را بررسی کنید.”

محققان برنج به دلیل نظریه چشم انداز انرژی در مورد چگونگی جمع شدن پروتئین ها شناخته شده اند. معمولاً از مدلهای دانه درشت استفاده می شود که اسیدهای آمینه فقط از چند مکان نشان داده شوند.

این استراتژی نسبت به تلاش برای تعیین موقعیت های زمانی هر اتم در هر باقی مانده ، قدرت محاسباتی کمتری را به خود اختصاص می دهد و با این وجود ثابت شده است که در پیش بینی نحوه پروتئین ها بر اساس توالی آنها بسیار دقیق است. اما برای این مطالعه ، محققان پروتئین ها و مجتمع های پروتئین لیگاند را در سطح اتمی مدلسازی کردند تا ببینند آیا آنها می توانند دریابند که چگونه ناامیدی به برخی از قسمت های پروتئین انعطاف پذیری لازم برای اتصال به سایر مولکول ها را می دهد یا خیر.

وولینز گفت: “یکی از بزرگترین موارد در مورد مدل سازی وضوح همه اتم ها این است که به ما اجازه می دهد ارزیابی کنیم که آیا مولکول های دارو به خوبی در محل اتصال قرار دارند یا خیر.” وی افزود: “این روش می تواند به سرعت نشان دهد كه آیا محل اتصال یك دارو ناامید می شود یا ناحیه ای ناامید باقی می ماند. اگر پس از اتصال مولكول ، محل ناامید شود ، پروتئین ممكن است تغییر نظم دهد یا دارو به نوعی جهت گیری خود را تغییر دهد. منجر به عوارض جانبی شود. “

مدل سازی سایت های ناامید کننده – و گاهی تغییر دادن آنها برای دیدن اتفاقات – به محققان اجازه می دهد ببینند که چگونه ویژگی مواد مخدر با جیب های اتصال ارتباط دارد. آنها می نویسند ، تجزیه و تحلیل ناامیدی “یک مسیر غربالگری برای ترکیبات تشخیص مواد مخدر خاص تر” است.

وولینس گفت: “این مفهوم ناامیدی در ابتدای کار تاشو پروتئین ما وجود داشت.” “وقتی آن را روی مولکولهای پروتئین واقعی به کار بردیم ، چند نمونه پیدا کردیم که در آن مکانیزم تاشو آنچه را که از یک قیف کامل انتظار داریم را مختل می کند. سپس متوجه شدیم که این انحرافات از عکس قیف در جایی اتفاق می افتد که پروتئین تا حدی باشد. ناامید

وی گفت: “مثل این استثنا که قانون ثابت می کند.” “چیزی که همیشه درست باشد می تواند بی اهمیت باشد. اما اگر در 1٪ موارد درست نباشد ، مسئله باید حل شود و ما توانستیم این کار را با AWSEM ، نرم افزار پیش بینی ساختار خود انجام دهیم.”

گسترش نرم افزار تجزیه و تحلیل ناامیدی به سطح اتمی امکان پذیر است ، همانطور که این گروه در مقاله اخیر دیگری توضیح داده است. اما برآورد هزینه ردیابی هر اتم در یک پروتئین به قدری زیاد است که محققان به روشی برای نمونه برداری از حرکات مناطق خاص نیاز دارند که در آن ناامیدی می تواند مسیر تا شدن را اشتباه بخورد.

وولینز با بیان اینکه او و چن که در صنعت خصوصی هستند از مدلهایی برای مطالعه استفاده می کنند ، گفت: “مینگن متوجه شد که الگوریتمی موثر برای نمونه برداری از محیط محلی در نقاط اتصال وجود دارد ، اما با حفظ وضوح اتمی.” عوامل درمانی احتمالی ، از جمله داروهای مرتبط با COVID-19.

###

نویسندگان مشترک مقاله رایس سان چن ، دانشجوی تحصیلات تکمیلی ، دانش آموخته نیکلاس شفر و سسیلیا کلمنتی ، استاد سابق برنج و اکنون استاد فیزیک در انیشتین در دانشگاه آزاد برلین هستند. الیزابت کامیوز ، استاد شیمی و بیوشیمی در دانشگاه کالیفرنیا ، سن دیگو ؛ و دیگو فریرو ، شیمی دان بیولوژیکی در دانشگاه بوینس آیرس. وولینس استاد علوم در بنیاد DR Bullard-Welch ، استاد شیمی ، علوم زیست شناختی و فیزیک و نجوم در رایس و مدیر مشترک CTBP است.

بنیاد ملی علوم از این مطالعه حمایت کرد.

خلاصه را در http: // dx بخوانید.بیا دیگه.سازمان /101038 /s41467-020-19560-9

این خبر را می توانید بصورت آنلاین در https: //اخبار.برنج.edu /2020 /11 /22 /درک-ناامیدی-می تواند به داروهای بهتر منجر شود /

اخبار برنج و پیوندهای رسانه ای را از طریق TwitterRiceUNews دنبال کنید.

مواد مرتبط:

پروتئین های در حال کار به خوبی از ناامیدی استفاده می کنند: http: // news.برنج.edu /2019 /02 /11 /پروتئین های کاری-استفاده-خوب-از-سرخوردگی-2 /

محلی سازی سرخوردگی در پروتئین ها ، با استفاده از توابع انرژی همه اتم ها: https: //میخانه هاacsسازمان /doi /ABS /101021 /acsjpcb9b01545

تصفیه ساختار پروتئین ، با هدایت تجزیه و تحلیل نا امیدی بسته اتمی: https: //میخانه هاacsسازمان /doi /ABS /101021 /acsjpcb0c06719

آزمایشگاه تحقیقاتی وولینز: https: //وولینبرنج.ادو

دانشکده علوم طبیعی ویس: https: //علوم طبیعی.برنج.ادو

بارگیری تصویر:

https: //شبکه خبر.برنج.edu /اخبار /فایل ها /2020 /11 /1123_FRUSTRATION-1-وب.jpg

مدل های مقیاس اتمی توسط دانشمندان دانشگاه رایس ، بر اساس مدل هایی که برای پیش بینی چین خوردگی پروتئین استفاده می شود ، یک ارتباط قوی بین مکان های اتصال با حداقل اختلال و ویژگی دارو نشان می دهد. قیف ، نمایشی بصری از چشم انداز انرژی پروتئین هنگام جمع شدن ، به یافتن این نقاط دلسرد شده کمک می کند. چنین مدل هایی می توانند منجر به طراحی بهتر داروها با عوارض جانبی کمتری شوند. (اعتبار: تصویرگری مینگچن شن / دانشگاه رایس)

دانشگاه رایس که در پردیس 300 هکتاری جنگلی در هوستون واقع شده است ، به طور مداوم در میان 20 دانشگاه برتر کشور توسط US News & World Report قرار دارد. رایس از دانشکده های معماری ، بازرگانی ، ادامه تحصیل ، مهندسی ، علوم انسانی ، موسیقی ، علوم و علوم اجتماعی بسیار احترام دارد و م toسسه سیاست های عمومی بیکر است. با 3،978 دانشجو و 3،192 دانشجو ، نسبت دانش آموز به معلم رایس کمتر از 6 به 1 است. سیستم کالج مسکونی وی جوامع نزدیک و دوستی مادام العمر را ایجاد می کند ، فقط یکی از دلایل رتبه بندی رایس برای بسیاری از مسابقات است. / تعامل کلاس و اولین بار در کیفیت توسط Princeton Review. همچنین از نظر مالی شخصی Kiplinger برنج به عنوان بهترین ارزش در بین دانشگاه های خصوصی رتبه بندی می شود.

جف فالک

713-348-6775

jfalk@rice.edu

مایک ویلیامز

713-348-6728

mikewilliams@rice.edu

[ad_2]

منبع: kolah-news.ir

ایندکسر