[ad_1]

تصویر

تصویر: نمودار Lazypipe. باینری ها و اسکریپت ها با رنگ سفید ، پرونده های ورودی و خروجی با رنگ سبز نشان داده می شوند. چشم انداز بیشتر

اعتبار: دانشگاه هلسینکی ، واحد تحقیقات ویروسی سهم مشترک انسانها

محققان دانشگاه هلسینکی برای شناسایی ویروس ها در نمونه های مربوط به میزبان یا محیط زیست ، خط لوله بیوانفورماتیک جدیدی به نام Lazypipe ایجاد کرده اند.

این خط لوله در همکاری نزدیک بین ویروس شناسان و بیوانفورماتیک ساخته شده است. محققان معتقدند که آنها توانسته اند بسیاری از چالش های معمول در متاژنومیک ویروسی را برآورده کنند.

پیش از این ، واحد تحقیقاتی Zoonoses Viral ، تحت هدایت پروفسور Olli Vapalachti ، دو نمونه از عوامل ویروسی جدید و بالقوه مشترک انسان و دام را منتشر کرده است که با Lazypipe از حیوانات وحشی شناسایی شده اند که می توانند به عنوان بردار عمل کنند. ویروس ابولاویر جدید از مدفوع و نمونه های اندام خفاش های Mops condylurus در کنیا و یک پاتوژن جدید منتقله از طریق کنه ، شیوع کنه منتسب در شمال شرقی اروپا شناسایی شده است.

دکتر Teemu Smura می گوید: “این نمونه ها نشان دهنده اثربخشی تجزیه و تحلیل داده های Lazypipe برای کتابخانه های NGS با ریشه DNA / RNA بسیار متفاوت است ، از بافت پستانداران گرفته تا بندپایان خرد و خرد شده.”

Covid-19 نیاز به تشخیص سریع ویروس های جدید را تقویت می کند

ویروس کرونا ویروس فعلی ، نیاز به شناسایی سریع ویروس های ناشناخته قبلی را به روشی بی طرف تقویت می کند.

دکتر راوی کانت می گوید: “کشف SARS-CoV-2 بدون ژنوم مرجع ، مفید بودن Lazypipe را برای سناریوهایی نشان می دهد که در آن عوامل ویروسی مشترک انسان و دام جدید ظهور می کنند و می توان به سرعت توسط توالی NGS از نمونه های بالینی تشخیص داد.”

در اوایل آوریل ، تیم تحقیقاتی کتابخانه ها را با نمونه های مثبت SARS-CoV-2 با Lazypipe آزمایش کردند.

دکتر ایلیا پلیوسنین می گوید: “ما تأیید کردیم که خط لوله SARS-CoV-2 را در 9 کتابخانه از 10 کتابخانه با تنظیمات پیش فرض و بدون ژنوم مرجع SARS-CoV-2 پیدا کرده است.”

پروفسور Tarja Sironen می افزاید: “Lazypipe می تواند نقش مهمی در پیش بینی بیماری های عفونی در حال ظهور داشته باشد.”

###

سلب مسئولیت: AAAS و EurekAlert! هیچ مسئولیتی در قبال صحت گزارشهای خبری منتشر شده در EurekAlert ندارند! از طریق موسسات کمک کننده یا استفاده از هرگونه اطلاعات از طریق سیستم EurekAlert.

[ad_2]

منبع: kolah-news.ir