[ad_1]

تصویر

تصویر: توالی های نوکلئوتیدی و اسیدهای آمینه (b) از ژنوم SARS-CoV-2 (a) به دست آمد. توالی ها سپس در مخازن باز در سراسر جهان واریز می شوند: GENBANK ، GISAID ، COG-UK (c) و وارد … مشاهده بیشتر

اعتبار: پلی تکنیک میلان

از ابتدای سال 2020 ، آزمایشگاه ها از سراسر جهان مواد آزمایشات مثبت افراد مبتلا به COVID-19 را ترتیب می دهند و توالی ها را بیشتر در سه نقطه جمع آوری می کنند: GenBank ، COG-UK و GISAID. مطالعه سریع این حجم گسترده از داده ها برای درک چگونگی تغییر ژنوم ویروس مهم است. برای امکان “گشت و گذار” سریع این داده ها ، تیم تحقیقاتی Politecnico di Milano به سرپرستی پروفسور استفانو سرری ، ViruSurf را توسعه داده اند ، یک موتور جستجو که در یک پایگاه داده متمرکز ذخیره شده در Politecnico کار می کند. این پایگاه داده به طور دوره ای از سه منبع بارگیری می شود و تا به امروز شامل 200516 توالی SARS-CoV-2 ، ویروسی که باعث ایجاد COVID-19 می شود و 33256 توالی سایر گونه های ویروسی ، همچنین با اپیدمی های م affectثر بر انسان مانند SARS ، MERS ، ابولا و دنگ.

هر توالی از چهار منظر توصیف می شود: خصوصیات بیولوژیکی ویروس و میزبان ، فناوری تعیین توالی ، پروژه ای که داده های اصلی را تولید می کند ، جهش های کل توالی نوکلئوتیدی و اسیدهای آمینه خاص ژن. مزیت ارائه شده توسط ViruSurf استفاده از الگوریتمی برای محاسبه جهشهای ویروسی بصورت همگن بین منابع با استفاده از رایانش ابری است. پایگاه داده برای پاسخ سریع به جستجوگران موتور جستجو بهینه شده است.

از جمله تحولات آینده ViruSurf ، مهمترین مورد تأمین شده توسط یک پروژه شش ماهه EIT دیجیتال ، یک سرویس اطلاعاتی زیستی برای مصرف توالی های ویروسی جدید است که وجود جهش های ویروسی مرتبط با افزایش یا کاهش شدت و حدت در تشخیص آنها را برجسته می کند. مورد استفاده در کلینیک ها ، به ویژه با شیوع بیماری همه گیر کمتر ، به افزودن اطلاعات مهم به پرونده سلامت بیمار کمک می کند. سایر کاربردها در زمینه دامپروری یا زنجیره غذایی امکان پذیر خواهد بود. این سیستم به زودی امکان ردیابی اپی توپ ها – توالی اسیدهای آمینه مورد استفاده در طراحی واکسن – را فراهم می کند ، به عنوان مثال اپی توپ ها را با جهش های ویروسی که ممکن است در کشورهای جهان وجود داشته باشد و ممکن است بر واکسن تأثیر بگذارد ، پیوند دهد.

“در پروژه GeCo ، با حمایت مالی شورای تحقیقات اروپا ، ما قبلاً موتور جستجوی مجموعه داده های توصیف ژنوم انسان را به نام GenoSurf ایجاد کرده بودیم. در ابتدای همه گیری ، چنین سیستم توالی ویروسی وجود نداشت. برای درک بهتر نیازهای آن ، با حدود بیست ویروس شناس از سراسر جهان مصاحبه کردیم. نتیجه یک سیستم با کاربرد آسان است: هر محققی می تواند با آن تماس گرفته و پرسش هایی را انجام دهد ، به عنوان مثال درباره زمان شروع جهش ویروسی و چگونگی گسترش آن در جهان “. استفانو سری ، مدیر پروژه گفت: مقاله در یک ژورنال منتشر شد. واجد اهمیت زیاد تحقیقات اسید نوکلئیک، در نسخه پایگاه داده ، که هر ساله شرح مهمترین پایگاههای اطلاعاتی بیولوژیکی را جمع آوری می کند. این مقاله همچنین توسط Pietro Pinoli ، طراح الگوریتم ، Arif Kanakoglu ، معمار نرم افزار ، آنا Bernasconi ، طراح داده ، Tomaso Alfonsi ، طراح خط لوله داده ها ، و Damianos P. Melidis از L3S (هانوفر) ، نویسنده برخی از نویسندگان مقاله الگوریتم ها

###

سلب مسئولیت: AAAS و EurekAlert! هیچ مسئولیتی در قبال صحت گزارشهای خبری منتشر شده در EurekAlert ندارند! از طریق موسسات کمک کننده یا استفاده از هرگونه اطلاعات از طریق سیستم EurekAlert.

[ad_2]

منبع: kolah-news.ir